История начинается сразу после финала первой части. Герои — Кейт Уолкер (девушка-адвокат из Нью-Йорка) и эксцентричный изобретатель Ганс Форальберг — отправляются в путешествие в поисках мифического острова Сибирия, где, по легенде, живут последние мамонты.
Поезд с героями прибывает в далёкий северный город Романовск — последний форпост цивилизации. В пути Кейт приходится решать разные задачи: добывать уголь для локомотива, лечить заболевшего Ганса с помощью лекарства из дневника столетнего монаха.
Далее сюжет усложняется: Иван Бугров и его брат Игорь угоняют поезд с Гансом и автоматоном Оскаром. Кейт преследует их на дрезине с запряжённым юки (помесью медведя и тюленя). После ряда событий герои оказываются в Стране Грёз (Валадилене 30-х годов XX века), где Кейт помогает Гансу «открыть сердце» Оскара, после чего они отправляются на поиски Сибирии на загадочном ковчеге, описанном в дневнике.
В финале Кейт решает последние головоломки, призывает мамонтов и, сыграв для них музыку, исполняет мечту Ганса. Тот уезжает верхом на мамонте навстречу нестрашной для него смерти, а Кейт с печальной улыбкой, плача, машет ему рукой.